Em 22 de junho de 1938, Arthur Breithaupt, Waldemar Grubba, Wolfgang Weege e Arnoldo Schmidt reúnem-se com um grupo de 31 empresários no Salão Buhr, fundando a Associação Comercial de Jaraguá do Sul.

No período de 1940 a 1950, a ACIJS interrompe temporariamente suas atividades devido à Campanha Nacionalista do governo de Getúlio Vargas, impondo às comunidades de colonização europeia a proibição de reuniões, fechamento de escolas alemãs, entre outras restrições. Em 1941 a entidade realizou uma única reunião, em pauta, a discussão sobre o aumento de impostos sobre o arroz que os empresários consideravam elevados e inadequados.

Em 1955, Jaraguá do Sul contava com cinco hotéis, educação de ensino médio, dois hospitais, centro de saúde, agência telefônica e departamento de correios e telégrafos. Empresários de Jaraguá do Sul reivindicam a instalação de uma agência do Banco do Brasil para a cidade, objetivo alcançado em 1958.

A busca de melhores condições de infraestrutura para Jaraguá do Sul é definida como meta pela entidade. Neste período, com apoio da entidade, foi fundada a Corporação de Bombeiros Voluntários, a atuação do Banco do Brasil foi ampliada e a CELESC melhorou o fornecimento de energia elétrica. Em 1967, a Associação foi transferida para o Edifício Bernardino, na Rua Marechal Deodoro.

Em 1976 funcionavam na Associação seis comissões voltadas às negociações envolvendo interesses diretos da comunidade empresarial, com o objetivo de: avaliar as condições das estradas; viabilizar a instalação do centro de treinamento do SENAI/SESI; a instalação de agência do INPS; a criação de faculdades; a formação de sindicatos patronais e de aproximação com a Federação das Associações Comerciais e Industriais – FACISC.

Anunciada em 1985 a instalação de mais 2.500 linhas telefônicas para Jaraguá pela Telesc. O prefeito, Durval Vasel, participa de reunião de diretoria e anuncia a construção de um parque de exposições e a oficialização do Plano Diretor do Município.
Começa a funcionar em 1988 a primeira Unidade de Tratamento Intensivo (UTI) no município, instalada junto ao Hospital e Maternidade São José.

Constituído em fevereiro de 1993 o primeiro Núcleo Setorial da ACIJS, com a formação do Núcleo de Marceneiros. Em abril é instalado o segundo núcleo, de panificadores.

Resultado dos esforços da ACIJS, a Escola Técnica Federal inicia atividades em 14 de junho de 1994.

O novo prédio do CEJAS – Centro Empresarial de Jaraguá do Sul é inaugurado em outubro de 2001, na Rua Octaviano Lombardi, bairro Czerniewicz. A estrutura triplica a área disponível para abrigar a ACIJS, APEVI, CDL e Sindicatos Patronais.

A ACIJS recebe em 2005, o Prêmio Destaque Nacional do Empreender, concedido pela CACB – Confederação das Associações Empresariais do Brasil, como resultado do trabalho realizado pelos Núcleos Setoriais.

Ao lado das demais entidades do CEJAS – APEVI, CDL e Sindicatos Patronais – a ACIJS participa em 2011 do movimento contrário ao projeto de emenda à Lei Orgânica Municipal que aumentaria de 11 para 19 o número de parlamentares em Jaraguá do Sul, iniciativa que acabou rejeitada durante votação na Câmara de Vereadores.

Em março de 2020, a ACIJS lidera mobilização reunindo representantes de diferentes segmentos da sociedade civil, poder público, instituições de ensino e outras entidades de classe, em torno de um comitê regional para definir e estruturar as primeiras ações de enfrentamento à Covid-19. A partir da iniciativa da entidade, a administração oficializa por meio de decreto o Comitê Gestor do Plano de Prevenção e Contingenciamento em Saúde. A entidade também estrutura a plataforma Central de Prevenção, com orientações a associados e comunidade para o enfrentamento da pandemia.

Em 2024, a ACIJS intensifica o acompanhamento das obras de duplicação da BR-280 nos lotes 2 e 2.1, que cortam a região, com o monitoramento dos serviços e na articulação com os governos federal e estadual por mais celeridade das obras. Desde então, mensalmente a diretoria presta informações sobre o andamento do cronograma para associados e comunidade.

Em fevereiro de 2025, a Ponte Eduardo Ferreira Horn, no limite entre Guaramirim e Jaraguá do Sul, é oficialmente inaugurada, considerado uma das principais etapas do projeto de duplicação do trecho estadualizado da BR-280. A denominação da conhecida ‘Ponte do Portal’ em homenagem ao ex-presidente da ACIJS e líder comunitário, um dos principais articuladores pela melhoria da infraestrutura regional, foi sugestão da entidade ao Governo do Estado, aprovada por decreto estadual pela Assembleia Legislativa.