O apoio à melhoria da gestão, recuperação financeira, modernização e humanização do Hospital São José vem desde 2004, quando a ACIJS passou a acompanhar a transição do modelo de administração da instituição de religioso para comunitário. Desde então, foram realizadas obras de reforma da Unidade de Terapia Intensiva (UTI) e do pronto-socorro, a expansão do estacionamento, a construção de prédios de internação, Centro de Oncologia e Centro de Diagnóstico por Imagem (CDI), entre outras áreas.